Wim was een architect op het middenveld, een meester in het positiespel die vooral bekend stond om zijn technische vaardigheid, spelinzicht, accurate passing en krachtige schot. Na de start van zijn carrière bij FC Volendam in 1986 haalde Johan Cruyff hem al spoedig naar Ajax. Na winst van het nationaal kampioenschap, de nationale beker en de UEFA Cup (1992) met de Amsterdammers vertrok Wim naar Internazionale. Met zijn beslissende doelpunt in de finale had hij daar een grote inbreng in zijn tweede UEFA Cup winst (1994). Na zijn periode in Italië keerde hij terug naar Nederland om zijn carrière te vervolgen bij PSV Eindhoven, alwaar hij opnieuw een landskampioenschap en bekerwinst op zijn palmares wist bij te schrijven. Als international vertegenwoordigde Wim zijn land op het Europese kampioenschap van 1992 en twee achtereenvolgende Wereldkampioenschappen in 1994 en 1998 (halve finalist). De laatste jaren van zijn spelerscarrière speelde hij bij Sheffield Wednesday, alvorens hij in 2001 gedwongen werd te stoppen als gevolg van aanhoudende blessures. In 2003 keerde Wim terug in het voetbal als bestuurslid technische zaken bij zijn eerste club FC Volendam. In 2007 keerde hij vervolgens ook terug bij zijn tweede club, AFC Ajax Amsterdam, in de rol van individuele techniektrainer. Hier zag hij al snel de grote potentie voor verbetering, mede gegeven de eisen van het moderne voetbal. De fameuze jeugdopleiding van Ajax was toe aan een upgrade, niet alleen in termen van kwaliteit, maar ook voor wat betreft de gekozen filosofie. Hierop schreef Wim in 2010, samen met gelijkdenkenden Johan Cruyff en Ruben Jongkind, het ‘Plan Cruyff’. Eén van de belangrijkste pijlers onder dit visionaire plan was de hervorming van de jeugdopleiding, gebaseerd op een individuele aanpak in talentontwikkeling. Na een periode van grote turbulentie, vaak getypeerd als de ‘fluwelen revolutie’, werd het Plan Cruyff in 2011 uiteindelijk geadopteerd als het nieuwe beleid van de club. Wim werd aangesteld als Hoofd Jeugdopleiding en lid van het nieuw ingestelde Technisch Hart, dat verantwoordelijk werd voor het voetbalbeleid. Van 2012 tot December 2015 implementeerde Wim het Plan Cruyff, waarmee hij de jeugdopleiding en de club als geheel revolutionaliseerde. In samenwerking met Hoofd Talentontwikkeling Ruben Jongkind werd de structuur en cultuur van de Ajax jeugdopleiding fundamenteel hervormd, met de introductie van een nieuwe filosofie waarin de speler en zijn ontwikkeling in alle opzichten (organisatie en processen) centraal kwam te staan. Tegelijkertijd coachte Wim Ajax Onder 19 met spectaculair aanvallend voetbal naar het nationale kampioenschap en een indrukwekkende campagne in de UEFA Youth league. Na een periode van aanhoudende onenigheid met de Ajax directie over het niet uitvoeren van het Plan Cruyff in andere delen van de club, eindigde de betrokkenheid van Johan Cruyff, Wim Jonk en zijn team bij Ajax in December 2015. Als trainer is Wim houder van de UEFA Pro licentie. Momenteel runt Wim samen met Jordi Cruijff, Cruyff Football – by Team Jonk die de voetbalvisie van Cruijff wereldwijd verspreidt door het helpen ontwikkelen van spelers, coaches ,clubs en voetballanden. Daarnaast is hij sinds 2019 de hoofdtrainer van FC Volendam.